За використанням коштів програми Ukraine Facility стежить ціла система контролю з боку Євросоюзу та України. Європейська комісія оцінює виконання реформ та ефективність використання фінансування, має право проводити аудити й перевірки разом із незалежними експертами. За розслідування підозрілих чи незаконних операцій відповідає OLAF, а виявленням системних проблем займається спеціальна Аудиторська рада ЄК, до рекомендацій якої Україна зобов’язана надавати письмові відповіді.
В Україні за контроль розпоряджання коштами відповідають Міністерство фінансів та Держаудитслужба. Мінфін розробляє та впроваджує стратегію аудиту, проводить перевірки реалізації програми, а Держаудитслужба контролює публічні закупівлі, відповідає за боротьбу з шахрайством і є основним контактним пунктом для взаємодії з OLAF. Україна має ще підвищити ефективність контролю, адаптувати законодавство і розробити додаткові стратегії для захисту фінансових інтересів ЄС.
